在攻取重庆府不成之后，杨应龙率兵撤回，同时分兵攻打綦江、合川、南川等地，均被官军击败，在确定贵阳无碍之后，各路援军从川、滇两个方向进剿。
杨应龙虽然麾下人数不少，但是并没有占领什么朝廷的重要据点，但是杨应龙所过之处，百姓死伤惨重，经尚在路上的贵州经略赵锦上疏，请求朱载坖晓谕川、黔土司，激励他们为朝廷效力。
朱载坖下旨：“杨应龙负恩犯顺自干天顺，诛止首恶更不株连土司，自我朝开设以来因俗而治世效职贡上下相安，何必改土为流，方是朝廷疆宇其，宣谕朕意共鼓忠愤，有能俘应龙以献即许代其世职，若合谋成功各裂土酬赏。”
朱载坖明确批示批示朝廷待播州土司不薄，你我相处融洽，何故反我朝廷，因而对杨应龙反叛之事十分恼怒，更是拿出播州土地爵位作为诱赏，只要诛杀恶首。
同时从云南等地调入贵州的援兵开始增加，官军和杨应龙部的兵力对比开始朝着有利于官军的方向进展了，杨应龙开始从四川撤回播州，对于杨应龙撤兵的举动，官军认为杨应龙已经惧怕官军了，尤其是四川方向的官军，重庆方面的官军以石柱土司兵为主，他们和杨应龙本就有些关系，使得叶梦熊不敢对他们完全放心。
即便是杨应龙后撤之后，叶梦熊立即命令土司兵追击杨应龙，将杨应龙赶回播州区，没有想到杨应龙突然回师重庆，勒兵犯綦江，城中新募兵不满三千，贼兵八万奄至，游击张良贤战死，綦江陷。杨应龙尽杀城中人，投尸蔽江，水为赤。
这下轮到巡抚四川都御史叶梦熊抓瞎了，当即命令已经追击杨应龙的各路四川官军守卫各州县，防止为杨应龙所偷袭。然后叶梦熊赶紧向经略赵锦和朝廷汇报此事。
之前朝廷对于平播战事是非常乐观了，因为这么多年以来，朝廷用兵基本上都十分的顺利，凶狠如北虏，不也得乖乖的向朝廷称臣纳贡吗？杨应龙不过一个贵州深山里的土司，能够翻起多大的浪来？再加上朝廷调集官军、土兵二十多万，这么强大的兵力，剿灭杨应龙只不过就是时间问题罢了。
但是事情并没有大臣君臣想的那么顺利，现实刘綎战败，损兵四千，虽然对于大明来说，并不算多大的损失，但是挫伤了官军的士气，现在杨应龙更是屠了綦江，这是分明藐视大明朝廷，还有就是叶梦熊、邢阶干什么吃的，不仅没能剿灭杨应龙，还是得杨应龙能够陷城屠杀，大明的国威何在？天子的尊严何在？
科道御史们纷纷上疏弹劾，从邢阶、叶梦熊和川、黔两省的各级将领，都被科道言官们予以弹劾了，他们要求朱载坖严惩邢阶、叶梦熊等人，还有刘綎，就是因为之前没有严惩刘綎，才使得官军将领疏忽懈怠，导致大败，他们要求严惩这些官员，督兵进剿，迅速将杨应龙剿灭。
朱载坖对此事也是极为不满，朝廷已经动用大军征缴杨应龙了，虽然朱载坖也知道贵州的客观条件，官军不可能快速解决战斗，但是也不能一直败绩啊，朱载坖认为确实要对前线的官员们体格醒了。
朱载坖于是以上谕的形式对于参加剿除杨应龙的文武官员予以申斥：“杨贼妄自尊大，僭称尊号，明为我司臣属之职司，寄天朝之藩篱，暗行此悖逆忘祖，篡立违典之行。朕恭行天讨，以申正义，诸路臣僚，当体朕意，合谋协同，督兵进剿，何乃一再矢机，堕我军威？是天朝无严诛之律条，朕非能杀人之主乎？倘若再行失机，丧师失地，朕虽有山海之量，奈国法何？斧钺之加，悔之何及？”
朱载坖以严旨督促官军进剿，同时对邢阶、叶梦